自古以来，在暗夜中隐藏着神秘的刺客一族“荆氏”。他们掌握着代代相传的杀人之剑的秘诀，收受佣金为雇主服务，并且守口如瓶。
当这一族只剩下最后相依为命的兄妹二人的时候，兄长继承了“荆轲”的名号，白日里混迹街头，与市井无赖为伍，夜幕降临时则化身为致命杀手。
将军樊於期，窥探到玄雍君主的秘密被迫逃亡，成为燕国的客人。但是，他的声望引起了太子丹的嫉妒。“落魄的流浪者，竟然取代孤成为止战的首领，不可容忍。”太子丹的手下将大笔金钱送到了杀手荆轲的手中。
荆轲产生了生平第一次犹豫。豪爽的樊於期与年轻的刺客荆轲，不知不觉间早已超越身份的差距结为好友。最终他拒绝了这笔生意。
次日，樊於期前来拜访荆轲，从怀里掏出一册木简，上面刻着玄雍的布防图。他对好友诉说计划，想要雇佣“荆氏”刺杀玄雍君主，却不知道眼前人正是那位著名的刺客。荆轲敏锐察觉到有人跟踪而至，他打开门，发现外面大批私兵包围。
“真可惜啊，我还没有机会为自己挥出过一剑。”荆轲叹息着，提剑走向了残忍的凶手。生命的最后一刻，他想到的是小妹，自己死去后，家族的命运将降临到少女的身上。
惨烈的战斗持续到黄昏，熊熊烈焰将半条街映红。次日，太子丹志得意满的起身去参加又一场反秦者的宴会，向与会者展示了樊於期和荆轲的头颅。然而众人的惊叹声中，闪烁着寒光的利刃袭来——宣示着代代传承的刺客“荆轲”，并不因一人的死去而死去。
太子丹的侍卫彻夜搜索着大胆的刺客，却不知宴会的乐师已将她带走。
不知过了多久，继承了家族之名的少女被琴声唤醒，她失去了记忆，只记得自己的名字叫阿轲。悠扬的琴声向她述说着漫长的故事，包含家族，死亡和止战的意志。她沉默的聆听着。那卷在火焰中燃烧的地图，已深深镌刻在她的脑海里。
千百年来，延续着雇佣刺客命运的荆氏一族的最后一人，终将是为了自己和所挚爱的亲人，挥出致命的一剑。